同时，山东省肿瘤医院质子中心二期工程中的重离子、中子项目正在快速推进中，目前已经开工建设。

质子中心位于济南国际医学科学中心核心区，占地面积约90亩，共投资约13.4亿元。包括1幢21层医疗综合楼、1幢质子维护楼，总建筑面积88,350平方米。将设置病床300张，配备ProBeam®质子治疗系统、ARIA®信息管理系统和Eclipse™治疗计划软件，包括三间360°旋转机架的治疗室、一间固定束研究室。

2018年7月，质子中心项目动工建设;2019年10月，获国家卫健委甲类大型医用设备配置许可;12月，项目医疗综合楼封顶;2020年8月，质子治疗区主体封顶;12月，医疗综合楼完工;2021年3月，举行超导回旋加速器吊装仪式;2022年4月，质子临床研究中心正式启用;5月，生态环境部辐射源安全监管司组织专家组对质子治疗系统项目开展辐射安全许可证发证前检查;7月6日，山东省肿瘤医院质子中心质子设备经国家生态环境部审批，获得辐射安全许可证;7月13日，质子治疗系统启动临床试验;2023年4月，完成47例临床试验。