尽管质子治疗和放射治疗组之间的治愈率几乎相同，但宾夕法尼亚大学佩雷??尔曼医学院的研究表明，但在90天内质子治疗的风险更低。

一项研究表明癌症治疗的副作用包括疼痛、吞咽困难、呼吸困难、恶心或腹泻等。该项研究收集了来自1,483名同时接受放射和化学疗法的癌症患者的数据。其中，有391名接受了质子治疗，其余的接受了放射治疗。所有患者均患有非转移性癌症，包括脑癌，头颈癌，肺癌，胃肠道癌和妇科癌。

研究结果显示，在治疗90天内将不良副作用分级为三级。在质子组中，只有45(11.5%)名患者出现副作用，而传统放射治疗组中确有301名(27.6%)出现副作用。分析还发现，质子治疗的患者的严重毒性反应的相对风险降低了三分之二。由于两组之间的存活率保持相似，研究人员建议质子治疗中较低的毒性不会降低疗效。

华盛顿大学医学院放射肿瘤学助理教授说：“这项研究令人兴奋，因为它表明质子治疗为我们提供了一种减少化学放射的严重副作用并改善患者健康和福祉而又不牺牲该疗法有效性的方法。”